Mertelj khởi đầu sự nghiệp thi đấu cho Triglav Kranj và duy trì ở đó cho đến khi anh được sở hữu bởi câu lạc bộ ở hạng cao nhất Slovenia, Koper. Anh thi đấu cho Koper trong mùa giải 2008–09, ra sân 35 trận cho câu lạc bộ và ghi được 3 bàn thắng.[1] Sau đó anh chuyển đến Maribor và là một phần của đội bóng 13 lần vô địch ở Slovenia.[1]